论才学和珅远逊于纪晓岚，但是在揣摩和迎合皇帝的心意上，和珅则比纪晓岚内行多了。和珅虽贪得无厌，聚敛千万，却不忘附庸风雅。既然大家都说纪晓岚是当朝才子，和珅也想请他给自己家门题字，这样在外人面前显得风光一些。

纪晓岚虽然明知和珅为人，但当面拒绝显然有失礼节，于是眉头一皱，计上心来。他挥笔写下了“竹苞”两字赠与和珅。和珅喜不自胜，觉得这两个字用在府中园亭的匾额上最合适不过，于是花重金请人装裱摹拓，高悬府中。后来乾隆帝来和珅府中做客，见到这块匾额之后，问和珅，这样过分的自谦是不是有点过头了？

和珅被乾隆问得丈二和尚摸不着头脑，如实禀报其乃纪晓岚所题，寓意于园中清闲淡薄的意境。乾隆听后感到更好笑，告诉和珅这哪里是什么清新意境，而是暗骂他们全家“个个草包”。　和珅这才意识到被纪晓岚愚弄了，而且还在皇帝面前暴露出自己无知的丑态，羞愤交加，发誓要报复纪晓岚。

和珅虽然没有多少才学，但他把官场的人际关系网梳理得异常严密，门生故吏师友姻亲遍设，全国各地都有他的耳目。从这方面讲，才华横溢的纪晓岚只能甘拜下风。

事情还要从纪晓岚嫁女说起。以纪晓岚在朝中的名望，上门提亲者络绎不绝。但才子毕竟只是才子，在判断人品的能力方面比那些职业官僚要弱很多。他把女儿许配给两淮盐运使卢见曾的孙子卢荫文。卢见曾的确有些才学，也注意礼贤下士，在士人中享有很高的威望。这也是纪晓岚愿与他结为儿女亲家的原因。但卢见曾却不像纪晓岚那样两袖清风，他利用盐运使的肥缺大肆聚敛钱财，最终被和珅的耳目抓住把柄。

和珅决定抓住这个机会狠狠整治一下纪晓岚，于是请命查办此案。纪晓岚先期获知此事，不愿看到亲家就此锒铛入狱，但干涉公务又是欺君之罪，只能暗中帮忙。为防走漏风声，他不敢把对策写在纸上，只是把一些盐和茶叶装在信封里，暗含“查盐”之意，派人连夜送往卢见曾处。卢见曾收信后悟出其中含义，迅速把赃款转移别处。和珅来查时，卢的财产已所剩无几。但这种伎俩岂能瞒过老奸巨猾的和珅，结果不但转移钱财被追缴回来，而且连纪晓岚送给他的密信也被查获。

回朝之后，和珅最急于向乾隆帝奏报的不是查办卢见曾一案，而是纪晓岚泄露机密的罪状。乾隆帝大怒，立即如召纪晓岚讯问。纪晓岚早有准备，辩称自己未涉此事，且反问乾隆帝有何证据。

这次他低估了被自己愚弄的和珅实际理事方面的才干，在卢见曾的供词面前，纪晓岚认识到如果继续抵赖只会罪加一等，只能磕头认罪。清代对泄密行为的处置历来严厉，更何况纪晓岚外泄的是乾隆帝的旨意，自然应从重处罚。

纪晓岚急中生智，在大祸临头之际，竭尽平生所学编出一篇对仗工整的骈体文辞，盛赞乾隆帝明察秋毫，大公无私，自己在旷世贤君面前翻船，心服口服。这一番马屁拍得很好，让乾隆皇帝实在不忍心杀了这个才子，正要赦免纪晓岚的罪行，在场的和珅却一再强调皇上应秉公处理，最终纪晓岚死罪免除，从轻发往到乌鲁木齐充军。纪晓岚走进了一生当中最为低沉的岁月。

被发配新疆的经历，给了纪晓岚一个行万里路的机会。沿途所见大大开阔了他的视野，他第一次走进西北边民粗犷的游牧生活，目睹了黄河上游的奇特伏流、沙漠地区的漏沙田等人间奇迹，后来所著的《阅微草堂笔记》中的很多奇思异想就是在苦寒寂寞的边疆之地萌发的。

两年后，乾隆皇帝决心要在文治方面超越历朝历代的成就，产生了编纂《四库全书》的庞大计划。但是朝中大臣谁堪当此重任呢？和珅和刘墉不适合纂此盛典，此时，乾隆帝想到了远在新疆冰天雪地的纪晓岚。这时已在新疆度过两年艰苦岁月的纪晓岚，终于看到重回京师的希望。后来他曾给自己写过一首诗，其中两句：“浮沉宦海如鸥鸟，生死书丛似蠹鱼。”前一句是对自己前期为宦经历的总结；后一句则概括他后半生为国家做出不可磨灭的贡献，那就是负责编纂《四库全书》。

经过两年多的筹备，乾隆三十八年（1773）清廷正式设立四库全书馆，纪晓岚受命担任总纂。

随着编纂工作的顺利进行，纪晓岚的官越做越大，升任协办大学士，后赏加太子太保，成为乾隆帝推行文治政策最为倚重的大臣。然而，编纂工作是个大工程，难免会出现各种各样的失误，如已成书的版本存在字迹讹误、违禁内容及缺漏等。

乾隆皇帝对质量的要求极严，一旦发现不足之处就会大动肝火，纪晓岚作为替罪羊首当其冲，先后十几次因工作失误遭到降职、罚俸等处分。他曾被遣戌避暑山庄更正收藏在文津阁内全套《四库全书》内的讹误之处，也曾南下江浙寻访原书真迹，顶着编纂失职的罪名东奔西跑。

由于编纂工作过于劳累，纪晓岚慢慢染上一些不良的生活习惯。首当其冲的就是吸烟。这与他彻夜翻书有很大关系，越到后来，烟瘾越大，劳碌之际一刻都不能离开烟锅。为了省去反复填装烟叶的麻烦，他特意给自己定做了一个特大号烟锅，一次就能装三四两烟叶，这样他从家乘轿到圆明园谒见乾隆皇帝，中途就用不着反复填装烟叶了。

时间久了，同僚给他取了个绰号叫“纪大锅”。一天，纪晓岚到琉璃厂一带闲逛，别在腰里的大烟锅竟然丢了，家仆遍地寻找也不见踪迹。纪晓岚却似乎心有成算一般，显得不那么紧张。他告诉仆人，第二天一早去东便门外的小市场上一定能找到。家仆第二天果然以很低的价钱从小市场买回了丢失的烟锅。纪晓岚告诉大家，这样大号的烟锅别人都不爱用，拾获者也没必要把这样一个无用之物留在家里，肯定会低价出售谋取微利。